Pengadilan Militer di Indonesia dibentuk untuk pertama kaslinya dengan Undang-undang Nomor 7 Tahun 1946 tentang Peraturan mengadakan pengadilan Tentara di samping Pengadilan biasa. Kemudian terbit Undang-Undang Nomor 8 Tahun 1946 tentang peraturan hukum Acara Pidana pada Pengadilan Tentara, sebagai pengadilan yang berlaku bagi militer. Pada tahun 1948 diterbitkan Peraturan Pemerintah Nomor 37 Tahun 1948 tentang Susunan dan Kekuasaan Pengadilan / Kejaksaan dalam lingkungan Peradilan Ketentaraan, Sejak berlakunya Republik Indonesia Serikat pada tahun 1950, terjadi perubahan undang-undang tentang susunan dan kekuasaan kehakiman, dengan disyahkannya Undang-Undang Darurat Nomor 16 tahun 1950 menjadi Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1950 tentang Susunan dan Kekuasaan Pengadilan / Kejaksaan dalam Lingkungan Pengadilan Ketentaraan. 

Pengadilan Militer IV-16 Balikpapan awalnya bernama Mahkamah Militer IV-16 Balikpapan berdiri pada tanggal 3 Juni 1982 dengan Surat Keputusan yang ditandatangani oleh Kepala Badan Pembinaan Hukum ABRI pada saat itu, Mayjen (TNI) E. Y. Kanter, S.H. berdasarkan Undang-Undang No. 20 tahun 1982 tentang ketentuan pokok pertahanan keamanan Negara Republik Indonesia yang kemudian diubah dengan Undang-Undang No. 1 tahun 1988 yang kian memperkuat dasar hukum keberadaan Peradilan Militer Tahun 2004 Indonesia memasuki abad baru dalam kehidupan ketatanegaraan yang berkaitan dengan masalah penyelenggaraan fungsi kekuasaan Lembaga Peradilan dan Peradilan Militer IV-16 Balikpapan kemudian berada di bawah kekuasaan Mahkamah Agung Republik Indonesia karena Undang-Undang Kekuasaan Kehakiman No. 4 Tahun 2004 Pasal 13 Ayat (1) menetapkan : “Organisasi, Administrasi dan Finansial Mahkamah Agung dan Badan Peradilan yang berada di bawahnya berada di bawah kekuasaan Mahkamah Agung “. Dengan pemindahan kewenangan bidang Organisasi, Administrasi dan Finansial Lembaga Peradilan dari eksekutif kepada yudikatif berdasar UU. No. 4 Tahun 2004 tersebut, maka pembinaan Bidang Teknis Yudisial dan Non Teknis Yudisial Lembaga Peradilan kini berada satu atap di bawah kekuasaan Mahkamah Agung.

Kepala Pengadilan Militer IV-16 Balikpapan